终极人类（Ultimate Human）
布鲁斯打算请托尼·斯塔克制造一些微型机器人，好进到体内阻止自己变成浩克，可是却来一个名为The Leade的大头反派将两人抓走。原来 Leader 的本名为 Peter Wisdom（彼得‧卫斯德，在正统世界是英国秘密机关 M16 的成员，各位可以看看他的短篇，或者英国队长的漫画，这角色是蛮有趣的反英雄），原本是一个 M16 机关的干员，由于接受英国一个名为 Enhancile 计划的实验，所以反增加自己增强心灵和精神能力。但也导致他的头变得太巨大，而且实验结果的副作用也导致下半身瘫痪，为此彼得被开除。
为了能治疗他的残疾，以及将身体尺寸提升到可以符合自己的大头，于是他绑架托尼·斯塔克和布鲁斯，还瓦解钢铁侠的装甲，以及让浩克的愤怒消失变回布鲁斯，然后企图将他们的血液抽出来（终极世界观的托尼·斯塔克体内有许多奈米机器人），挪到自己身体使用。
最后托尼·斯塔克用计，让布鲁斯再度变回浩克，打死 The Leader，不过在他死前已先用心灵能力，调派 F-22 轰炸机来进行轰炸，打算同归于尽。最后，浩克走了出来，不过也因为这次临时的变身，布鲁斯体内已经产生排斥奈米机器人的抗体，所以他变身浩克逃走，而托尼·斯塔克则跟他说抱歉。
终极通牒（Ultimatum）
在解放者入侵事件时的前几个月，尼克替终极战队带来了一个新成员——黑豹（在此世界观设定为X战警计划下的突变人，可伸出亚德曼金属的豹爪），但黑豹离开国家很久，很想念自己家园，所以美国队长伪装成他的样子，让黑豹能回去处理事情。另外还有一个自称拥有北欧女武神瓦尔基莉神力的年轻女孩，也加入了终极战队，并跟索尔（Thor）同居。
终极力量事件过后，市面上出现托尼·斯塔克跟黑寡妇限制级的影片，然后猛毒突然冲进托尼·斯塔克的大厦进行攻击，但终极战队成功消灭猛毒。接着黄蜂女珍妮特发现蚁人汉克服药过多昏倒，猩红女巫被暗杀而死，鹰眼则去找蜘蛛人用“很客气的方式”问他有关猛毒的事情。
这时终极战队又遭到另一次攻击，这次来袭的是万磁王的突变人兄弟会，他们打算将猩红女巫的尸体带走，而万磁王透过雷射投影，跟儿子速银侠派特罗交谈，然后要他带回姊妹猩红女巫旺达的尸体回来。
终极战队与兄弟会的战斗结束后，发现派特罗跟兄弟会离开了，这时金钢狼也来到托尼·斯塔克的大厦。金钢狼跟终极战队一起行动，打算到 Savage Island 找万磁王，企图抢回旺达的尸体，好有线索找出杀人者。于是终极战队分成两队，一队跟金钢狼去找万磁王，一队则留在史塔克大厦找寻线索。
而这时钢铁侠将射死旺达的子弹带回来，可是却露出他是机器人的真面目攻击珍妮特，结果美国队长用盾牌打破机器钢铁侠的头，但接受治疗恢复的汉克马上也把那位美国队长击破，原来这美国队长也是机器人假扮的。
汉克说到这些机器人就是奥创，自从上次解放者事件后，他们就从战斗机器人变成管家机器人，可是其中一台却爱上猩红女巫，而那台奥创发现到速银侠和猩红巫婆这对姐弟（兄妹）有不伦恋，认定旺达不可能会爱上自己的奥创，用一颗设定有旺达DNA的子弹杀死她。
接着伪装成汉克的奥创自称为Yellowjacket（黄蜂侠），也讲出刚刚袭击终极联盟的猛毒事件，以及托尼·斯塔克和黑寡妇的性爱影片，都是他们所作的，目的就是要先毁坏大众对于终极战队的形象和信任。而旺达的死则是打算让万磁王跟人类开战，等双方两败俱伤后，机器人再坐收渔翁之利，同时终极战队则与 Savage Island 残存的人类一起跟兄弟会战斗。
接着，终极战队那一方面临苦战，而机器人版的终极战队则赶去 Savage Island 进行攻击，于是汉克和珍妮特放出早就被绑的托尼·斯塔克后，三人也一起赶去队友的所在地。最后三方开始了大混战，这时也揭露出机器人为了对抗万磁王，是用特别制成自己的身体，不过汉克随后巨大化，把伪装成自己的奥创的头给扯了下来，而这台奥创就是母体，一摧毁其他奥创就失去动力。
此时鹰眼则拿一把十字弓射向万磁王，但速银侠替自己父亲档下这一箭，使得愤怒的万磁王将岛上的大地飘浮起来，形成一个空中堡垒，并把受重伤的儿子带走，不过索尔（Thor）也奋力一击将槌子丢出，却被万磁王用磁力接收。最后万磁王跟皮特罗说些父亲多爱自己孩子的话，接着就说到要人类付出终极代价。
最后的最后，则出现了末日博士，意指他策划机器人执行这些计划，尤其暗杀旺达就是要让万磁王向人类宣战，这样子他才能因为阻止万磁王，而被全世界当作救世主来景仰。
一群自称是 Watchers（观察者）种族的机器石像出现，神盾派出惊奇四超人跟他们沟通，而观察者透过隐形女苏发言。他们说到世界将会发生巨变，所以会选择一个地球人当作他们的代表，接着就讲到终极世界观的一些过去历史。比方说尼克也是超级士兵，找了一些科学家进行第二期超级士兵计划，突变人是人为产生的，而非自然天生。至于被选中的使者，则是此世界的 Rick Jones（里克‧琼斯），也是彼得的邻居。
万磁王用磁力改变地轴，让纽约市遭受海啸袭击，许多英雄和角色都死亡，尤其万磁王还亲手扭断好友X教授的脖子。这时突变人兄弟会也趁乱，藉机用 Multiple Man 无限分身能力产生出来的复制人，发动自杀炸弹客攻击，企图瘫痪美国各个超人类机关和英雄团队，许多英雄也因此跟着战死，最后金钢狼找到复制人本体，发现他原来只是个单纯的小男孩，只是被 Lorelei 的控制才会大量用自己能力。
所以原本想说服他，告诉他所处的现在一切都是个幻觉，Lorelei 用能力伪装成他的母亲，甚至让他以为现在才1994年。没想到这小男孩无法收回自己分身，金钢狼只好忍痛杀死他，暂时解决这场复制人危机，让所有人有缓冲休息的机会。
这时，陷入重伤且昏迷状态的美国队长，灵魂则跑到了北欧神的地狱，并遇见为了爱人复活而战的索尔（Thor），结果是海拉女王耍诈，只打算让三人中的两人复活，于是索尔（Thor）留在地狱，让美国队长和瓦尔基莉苏醒。
美国队长聚集残存的英雄，也与末日博士和力量公主两人，一同回到 Earth-31916，将尼克带回来主持大局。之后众人就去攻打万磁王的空中堡垒，但万磁王控制独眼龙的雷射眼镜和钢铁人的装甲，让他们两人联手攻击将金钢狼轰到剩骨头。但金钢狼仍用最后一口气，将爪子刺进万磁王体内，可万磁王也使用他的能量将金钢狼轰成渣。接著瓦尔基莉又砍断万磁王拿着索尔（Thor）槌子的手，不过万磁王随后击退她来到自己的王座间。
这时尼克出现了，透过琴的心灵能力，让万磁王知道变种人不是天生的基因份子，也是人类改造基因而得来的超级士兵，这让万磁王崩溃并理解自己错了，就将地轴磁极改了回来，但独眼龙不能原谅万磁王所做的事情，于是用最大输出的雷射杀死他。
事件结束后，因为万磁王惹起的事件，让民众越来越讨厌突变人，而政府也决定让突变人接受管制，当独眼龙正在进行相关演说时，突然头部遭狙击中弹身亡。
原来开枪的是速银侠，且这一切也是他的计划，这样子父亲死了，X战警也解散，其他英雄团队又受到重创，没人能阻挠他了。接着石头人透过李德，知道这一切是末日博士所导致，于是来到其所在地，用尽全力捏爆他的头。
以下是在终极通牒、相关支线和后续故事得知的角色死亡名单（按英文字母排序）：
Angel（天使人）－闯到万磁王城堡时，反被剑齿虎杀死，且部分身体也被剑齿虎吃掉（终极通牒第四回）。
Beast（兽人）－被洪水淹死（终极通牒第一回）。
Blob－由于他活生生将胡蜂女咬死，并啃食其尸体，所以被愤怒的巨大化汉克咬掉头（终极通牒第三回）。
Cannonball－被复制人自杀攻击而炸死（终极通牒第三回）。
Captain Britain（英国队长）－被复制人自杀攻击而炸死（终极X战警第一百回）。
Cyclops（独眼龙）－替政府发表突变人政策时，被速银侠狙击爆头而死。（终极通牒第五回）。
Daredevil（夜魔侠）－被蜘蛛人发现，推测是被淹死（终极蜘蛛人第一百三十一回）。
Dazzler－被洪水淹死（终极通牒第一回）。
Detonator－因协助万磁王所以在 Savage Island 被折磨后杀死（终极通牒第三回）。
Dr. Doom（末日博士）－被石头人捏爆头部而死（终极通牒第五回）。
Dr. Strange（奇异博士）－被藉著大海啸逃出封印的恶魔 Dormammu 杀害（终极通牒第四回）。
Emma Frost（爱玛‧弗斯特）－被复制人自杀攻击而炸死（终极通牒第三回）。
Forge－因协助万磁王所以在 Savage Island 被折磨后杀死（终极通牒第三回）。
Franklin Storm（法兰克林‧史东）博士－被洪水淹死（终极惊奇四超人第五十八回）。
Hard-Drive－因协助万磁王所以在 Savage Island 被折磨后杀死（终极通牒第三回）。
Hank Pym（汉克‧皮姆）－为了掩护众人，将一堆复制人弄上身而牺牲自己（终极通牒第三回）。
Juggernaut－被穿上哨兵机器人装甲的人其毒针击中，之后给小淘气能力而死（终极X战警第九十九回）。
Longshot－因协助万磁王所以在 Savage Island 被折磨后杀死（终极通牒第三回）。
Lorelei－企图控制 Ka-Zar 和金钢狼，结果反被金钢狼杀死（终极X战警第一百回）。
Multiple Man－被金钢狼杀死（终极X战警第一百回）。
Magneto（万磁王）－被独眼龙用雷射炸爆头（终极通牒第五回）。
Nightcrawler（暗影兽）－被洪水淹死（终极通牒第一回）。
Polaris（北极星）－被复制人自杀攻击而炸死（终极通牒第三回）。
Professor X（X教授）－被万磁王折断脖子（终极通牒第二回）。
Psylocke（灵蝶）－漫画没提到死亡原因，由 Marvel 宣布在死亡名单内。
Sunspot－被复制人自杀攻击而炸死（终极通牒第三回）。
Syndicate－被穿上哨兵装甲的反突变人份子杀死（终极X战警第九十九回）。
Toad（蟾蜍人）－漫画没提到死亡原因，由 Marvel 宣布在死亡名单内。
Wasp（胡蜂女）－被 Blob 给咬死，尸体大部分也被他吃掉（终极通牒第二回）。
Wolverine（金钢狼）－被万磁王杀死（终极通牒第五回）
＊Thor （索尔（Thor））－由于爱人瓦尔基莉被大洪水淹死，所以跑到地狱跟海拉谈条件，可也遇见美国队长。于是两人一起通过海拉考验，但海拉说到只能复活两人，于是索尔（Thor）决定将自己灵魂留在这，让美国队长和瓦尔基莉复活（终极通牒第二回），但索尔（Thor）之后发展请见下面的新终极战队段落介绍。